وی در این مدت توانست ارکستر هنرجویان هنرستان و پس از آن ارکستر سمفونیک جوانان را تشکیل دهد ولی پس از ۳‌سال و با اعتراض به وضع موجود و با انتقاد از شیوه مدیریت اداره وزارت فرهنگ و هنر که به زعم وی بی‌توجهی مسئولان به مسائل پایه‌ای موسیقی و پرداختن به ظواهر بود، استعفا و ایران را ترک کرد.

در سال ۱۹۷۹ هربرت فون کارایان رهبر ارکستر نامدار از رهبری برای پذیرش دستیاری خود در ارکستر فیلارمونیک برلین و رهبر ذخیره دعوت به عمل آورد. این تعامل و همکاری در سال‌های ۱۹۸۰، ۱۹۸۲ و ۱۹۸۴ ادامه داشت. در طول بعضی از اجراهای ارکستر فیلارمونیک برلین با هدایت علی رهبری، فون کارایان به عنوان بیننده ازابتدا تا انتهای کنسرت در سالن می‌ماند (رفتاری که معمولاً انجام نمی‌داد).

همکاری با فون کرایان نقطه عطفی در مسیر زندگی حرفه‌ای او بود. پس از این همکاری نام رهبری در محافل موسیقی به عنوان رهبر ارکستری توانمند مطرح شد و این سرآغازی برای همکاری با بخشی از مهمترین ارکسترهای جهان شد.

علی رهبری در سال ۱۹۹۷ با دعوت از ۶۰ تن از نوازندگان ایرانی مقیم اروپا و آمریکا، ارکستر فیلارمونیک بین‌المللی ایرانی را تشکیل داد و با رهبری این ارکستر تعدادی از آثار آهنگسازان مشهور ایرانی و غیر ایرانی مانند حسین دهلوی، هوشنگ استوار، امین‌ا… حسین،احمد پژمان، کورساکف، خاچاتوریان و… را اجرا کرد.

این ارکستر به علت مشکلات مادی نتوانست به فعالیت خود ادامه دهد.رهبری در ایران با ارکسترهای ژونس موزیکال، ارکستر هنرستان عالی موسیقی، ارکستر صبا، ارکستر مجلسی رادیو و تلویزیون و ارکستر سمفونیک تهران کنسرت‌هایی را رهبری و برگزار کرد.

وی همچنین بیش از ۱۲۰ ارکستر در سراسر جهان از جمله ارکستر فیلارمونیک برلین، ارکستر ملی فرانسه، ارکستر فیلارمونیک لندن، ارکستر رادیو تلویزیون بلژیک (رهبر دائم) و ارکستر فیلارمونیک زاگرب (رهبر دائم) را رهبری کرده و حدود ۲۰۰ اثر موسیقی کلاسیک جهانی را ضبط کرده است.در سال ۲۰۰۵ و پس از سال‌ها دوری، علی رهبری به دعوت فریدون ناصری به ایران بازگشت و رهبر ارکستر سمفونیک تهران شد.

ارکستر سمفونیک تهران پس از سال‌ها توانست اجرای قابل قبولی تحت رهبری او داشته باشد و کیفیت صدادهی ارکستر هنگام اجرای سمفونی ۹ بتهوون با رهبری او تعریف و تمجید بسیاری از کارشناسان و منتقدان و نوازندگان را به دنبال داشت.

وی پس از چند ماه با نوشتن نامه‌ای سرگشاده به محمد حسین صفار هرندی وزیر وقت ارشاد با انتقادهایی شدید مبنی بر عدم توجه مسئولان به موسیقی و تاکید بر این که با تنگناهایی که در شرایط فعلی برای ارتقای کیفی ارکستر و گروه کر وجود دارد (به ویژه از جهت حقوق و وضعیت معیشتی آنان) شرایط لازم برای خدمت مؤثر وجود ندارد، ایران را ترک کرد.علی رهبری نهایتا در اسفندماه سال جاری با حکم علی مرادخانی، معاون امور هنری وزیر ارشاد به‌عنوان مدیر هنری ارکستر سمفونیک تهران منصوب شد.

علی رهبری در خصوص انتصابش به سمت مدیر هنری ارکستر سمفونیک گفته است که در تمام دنیا مدیران هنری ارکسترها به‌واسطه قراردادهای اجرایی فعالیت خود را با ارکستر مربوطه آغاز می‌کنند.

حرفه ما در زیر مجموعه امور استخدامی نمی‌گنجد. در کار ما بازنشستگی و استخدام معنایی ندارد.پس از انتخاب علی رهبری به عنوان مدیر فنی ارکستر سمفونیک تهران، کمتر کسی بود که این انتخاب را  انتخاب درستی نداند یا علی رهبری را بهترین گزینه برای این سمت نداند. اما کمتر کسی هم بود که با توجه اتفاقات گذشته نسبت به همکاری طولانی مدت این رهبر پرآوازه با ارکستر سمفونی تهران امیدوار باشدبه هر شکل او با برنامه‌ای بسیارپرهزینه برای ارکستر سمفونیک تهران آمده است. او آمده تا ارکستر سمفونیک تهران را جهانی کند.

علی رهبری قصد آن دارد تا مجالی فراهم کند تا چوب رهبری ارکستر سمفونیک تهران با دستان نام‌آورترین رهبران جهان هم آشنا شود.

روزنامه آرمان با علی رهبری پس از پایان آخرین تمرین او با ارکستر سمفونیک تهران گفت‌وگویی داشته است که در ادامه می خوانید:

  با توجه به تمرینات فشرده‌ای که داشتید، به نظر شما فاصله ارکستر سمفونیک تهران با ارکسترهای طراز اول جهان چقدر است؟

آرتورو توسکانینی از رهبران بزرگ ارکستر جهان می‌گوید ارکستر بد وجود ندارد. با نوازندگان متوسط می‌توان ارکستری درجه یک داشت و با بهترین نوازندگان جهان هم می توان ارکستری بسیار ضعیف داشت. قدرت اجرایی یک ارکستر ارتباط مستقیمی دارد با قدرت رهبری آن ارکستر. در پاسخ به این سوال شما ضمن اینکه جمله توسکانینی را کامل‌ترین جواب می بینم باید اضافه کنم که به هر شکل من قول دادم این ارکستر را جهانی کنم و این کار را هم خواهم کرد.

 آیا نوازندگان حال حاضر ارکستر سمفونیک تنها بضاعت نوازندگی موسیقی کلاسیک کشورمان هستند؟

نه به هیچ عنوان. آنچه اکنون شاکله ارکستر سمفونیک تهران را تشکیل داده همه و همه نوازندگانی هستند که به هر شکل برای ما با واسطه و بی واسطه شناخته شده بودند. قطعا نوازندگان ناشناخته اما به شدت مستعد و توانمندی در ایران و حتی خارج از ایران داریم که یافتن آنها زمانی را می طلبید که در حال حاضر در اختیار ما نبود.

 یعنی در تیم نوازندگان فعلی ارکستر سمفونیک شاهد تغییراتی خواهیم بود؟

صد درصد. این اجرا صرفا یک امتحان بوده و این موضوع را بارها و بارها هم گفته‌ام.

 عمده تلاش شما در تمرین امروز صرف بهبود بیان دینامیک ارکستر شد. سمفونی شماره ۹ بتهوون بیان دینامیک عجیب و غریبی می طلبد و یا اینکه این نوازندگان در بیان دینامیک اجراهای خود نیاز به تمرین بیشتری دارند؟

نوازندگانی امروز در ارکستر سمفونی می نوازند قبل از این و بعد از امروز مانند همان رانندگانی هستند که در تهران رانندگی می کنند. ما عادت کردیم بدون توجه به علامت های راهنمایی و رانندگی و بدون رعایت حق تقدم و رعایت حداکثر و حداقل سرعت مجاز برانیم. این بی توجهی متاسفانه به مثابه یک عادت بد فرهنگی در وجودشان جا افتاده است. و این به سطح فرهنگ و اخلاق اجتماعی بستگی دارد. مشکل از سمفونی ۹ بتهوون نیست. نوازندگان ما به بی دقتی و کم توجهی به علائم عادت کرده‌اند.

 از این اجرای ارکستر سمفونیک ضبط استودیویی هم خواهید کرد؟

فعلا برای این کار زود است. با توجه به برنامه‌ای که در نظر داریم فکر می کنم ارکستر برای تابستان سال آینده آماده ضبط استودیویی باشد.

 شما در گفت و گوی خبری مربوط به انتخاب مدیر فنی رهبر ارکستر از این اجرا و فعالیت‌های ارکستر تا پایان سال به‌عنوان دستگرمی یاد کردید. برنامه نهایی ارکستر را تا چه زمانی اعلام خواهید کرد؟

آنچه مشخص است این است که تا شش ماه آینده این ارکستر را شخصا رهبری خواهم کرد و از اول مهرماه قراردادهای رسمی قابل تمدید با نوازندگان انتخاب شده و نهایی ارکستر خواهیم بست. اما طبق برنامه ریزی های انجام شده قبل از پایان امسال برنامه جامع خود برای ارکستر سمفونی را اعلام خواهم کرد.

  آقای رهبری من شما را شخصی با اعتماد به‌نفس بسیار بالا می بینم. اعتماد به‌نفس بالایی که بعضا شما را مانند فردی خود شیفته معرفی می کند. این اعتماد به نفس بالا از کجا آمده؟ از ارکسترهای بزرگی که رهبری کردید؟ از جایی که تحصیل کردید؟

از هیچکدام. اعتماد به‌نفس بالای من یادگار مادر مرحوم من است. این زن فداکار من را بی نیاز بار آورد و بی نیاز تربیت کرد. او به من آموخت که بی نیازی و استقلال فرد را متکی به نفس بار می آورد و اتکا به نفس مانع می شود تا در بسیاری از راه‌ها قدم نگذاری.

 شما در طول تمرین با ارکستر به‌صورت بسیار گذرا از اجرای   کارمینا بورانا  توسط ارکستر سمفونیک تهران در آینده ای نه چندان دور حرف زدید. واقعا از ماندگاری خود برای مدت طولانی در راس ارکستر سمفونیک تهران مطمئنید؟

من زمانی می روم که ناامید شده باشم. در حال حاضر هم همه چیز برایم امیدوار کننده است. مهم ترین دلگرمی من برای ادامه راه حمایت شخص رئیس جمهور از ارکستر سمفونیک است. او بعد از واتسلاو کلاوس رئیس جمهوری   چک،  دومین رئیس جمهوری کشوری است که شخصا در باره ارکستر سمفونی کشورش با من صحبت کرده و در باره این ارکستر پرس و جو کرده است. در ثانی من ۱۲  سال مدیر هنری ارکستر بروکسل بودم اما در وین زندگی می‌کردم. پس نوع و ماهیت کار من به‌گونه‌ای است که نیازی به اقامت دائم من در ارکستر نیست. نباید ارکستر را ملک شخصی رهبر ارکستر دانست. که در غیر این صورت ارکستر محکوم به فنا خواهد بود.  من قول داده‌ام این ارکستر را جهانی کنم و خواهم کرد. قصد رفتن و ناامید شدن را هم ندارم.

 آیا تعطیلات نوروز در ایران خواهید بود؟

۸ هفته بسیار سخت و پرکار داشتم و برنامه‌های ارکستر سمفونیک تهران هم باعث شد تمام برنامه‌های خود را کنسل کنم. عید نوروز را برای استراحت و بودن در کنار خانواده به وین خواهم رفت و جشن سال نو را همراه  دوستان ایرانی خود در وین جشن خواهیم گرفت. اما ۸ و یا ۹ فروردین به تهران باز خواهم گشت.